Original: http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html
Вступ
Стандарт Ньюіка для подання дерев у формі, використовує відповідності між деревами і вкладеними дужками, зауважив в 1857 році відомий англійський математик Артур Келі. Якщо у нас є це дерево з коренем:
потім в дереві файл він представлений в наступній послідовності друкованих символів:
(B,(A,C,E),D);
Дерево закінчується крапкою з комою. Вузол в нижній цього дерева є внутрішнім вузлом, а не підказка. Внутрішні вузли представлені у вигляді пари узгоджених дужок. Між ними є уявленнями вузлів, які безпосередньо походять від цього вузла, розділені комами. У наведеному вище дереві, безпосередні нащадки B, інший внутрішній вузол і D. Інший внутрішній вузол представлений парою круглих дужок, укладаючи представлення своїх безпосередніх нащадків, А, С і Е. В нашому прикладі це трапиться бути поради, але в цілому вони також можуть бути внутрішні вузли, і результат буде додатково вкладенням дужок, на будь-якому рівні.
Поради представлені своїми іменами. Ім’я може бути будь-який рядок друкованих символів, крім пробілів, двокрапки, крапки з комою, дужки і квадратні дужки.
Тому що ви можете захотіти включити пробіл в імені, то передбачається, що символ підкреслення (“_”) позначає пробіл; будь-який з них в імені будуть перетворені в заготівлі, коли вона читається в будь-яке ім’я може бути порожнім: схоже на дерево
(,(,,),);
допускається. Дерева можуть бути multifurcating на будь-якому рівні.
Довжин відгалужень, можуть бути включені в дерево, поміщаючи дійсне число, з або без десяткового дробу, після того, як вузол, якому передує двокрапка. Це являє довжину гілки безпосередньо нижче цього вузла. Таким чином, вище дерево могло мати різну довжину представлений у вигляді:
(B:6.0,(A:5.0,C:3.0,E:4.0):5.0,D:11.0);
Дерево починається на першому рядку файлу, і може продовжувати подальші рядки. Найкраще, щоб перейти на новий рядок, якщо взагалі, відразу після коми. Прогалини можуть бути вставлені в будь-якій точці, крім як в середині назви виду або довжини гілки.
Наведене вище опис є фактично з підмножини стандарту Ньюіка. Наприклад, внутрішні вузли можуть мати імена в цьому стандарті. Ці імена слідують праву дужку для цього внутрішнього вузла, як в цьому прикладі
(B:6.0,(A:5.0,C:3.0,E:4.0)Ancestor1:5.0,D:11.0);
Приклади
Щоб допомогти вам зрозуміти це дерево уявлення, ось деякі дерева в даній форми:
((raccoon:19.19959,bear:6.80041):0.84600,((sea_lion:11.99700, seal:12.00300):7.52973,((monkey:100.85930,cat:47.14069):20.59201, weasel:18.87953):2.09460):3.87382,dog:25.46154);
(Bovine:0.69395,(Gibbon:0.36079,(Orang:0.33636,(Gorilla:0.17147,(Chimp:0.19268, Human:0.11927):0.08386):0.06124):0.15057):0.54939,Mouse:1.21460):0.10;
(Bovine:0.69395,(Hylobates:0.36079,(Pongo:0.33636,(G._Gorilla:0.17147, (P._paniscus:0.19268,H._sapiens:0.11927):0.08386):0.06124):0.15057):0.54939, Rodent:1.21460);
A;
((A,B),(C,D));
(Alpha,Beta,Gamma,Delta,,Epsilon,,,);
(Не)унікальність
Стандарт Ньюіка робить унікальну виставу дерева, з двох причин. По-перше, лівий-правий порядок нащадків вузла впливає на уявлення, навіть якщо воно є біологічно нецікаві. Таким чином, для біолога
(A,(B,C),D);
є тим самим деревом, що й
(A,(C,B),D);
який у свою чергу є тим же деревом, що й
(D,(C,B),A);
і що одне і те ж дерево, як
(D,A,(C,B));
та
((C,B),A,D);
Дерева з коренями та без них
Крім того, стандарт, який представляє кореневе дерево. Для багатьох біологічних цілей, ми не можемо бути в змозі вивести положення кореня. Ми хотіли б мати уявлення одного з некорневого дерева, коли описують висновки в таких випадках. Тут конвенція просто довільно корінь дерева і повідомити про результат кореневе дерево. таким чином
(B,(A,D),C);
буде таким же, як дерево некореневих
(A,(B,C),D);
і як
((A,D),(C,B));
Поширене використання
Незважаючи на це обмеження неоднозначності читаність результуючого уявлення (для дерев скромних розмірів) і легкість написання програм, які читають його зберегли цей стандарт широко використовується.
Його конкуренти включають в себе стандарт NEXUS для дерев (частина більш загального стандарту NEXUS для наборів даних філогенез). Однак NEXUS уявлення дерев заснована на стандарті Ньюік – всередині блока NEXUS TREES ви знайдете… дерева Ньюіка.
Менш Ньюік на основі стандарт є стандартом PhyloXML, який є поданням XML з використанням вкладенні <CLADE> … <CLADE> пар тегів замість дужок.
Походження
Стандарт Ньюіка був прийнятий 26 червня 1986 року на неофіційному засіданні комітету, скликаного мною під час Товариства вивчення еволюції в Даремі, штат Нью-Гемпшир і складається з Джеймса Арчі, Вільям Є.П. Дей, Уейн Медісон, Крістофер Мечем, Ф. Джеймс Рольф, Девід Своффорд і я. (Комітет не є діяльність SSE і не схвалені нею). Причина в тому, що ім’я другої і заключної сесії комітету зустрілися в ресторані “Ньюік” у Дуврі, Нью-Гемпшир, і ми насолоджувалися їжею омарів. Подання дерево було узагальнення однієї розробленої Крістофером Мечемом у 1984 році для програм графічного виводу дерев, які він написав для пакета PHYLIP під час відвідин Сіетла. Його візит був творчу відпустку з Університету штату Джорджія, який, таким чином, побічно, частково фінансується цю роботу.
Інші описи стандарту Ньюіка
Офіційної публікації стандарту Ньюіка не було.
• Гері Олсен випустив офіційне опис цього, який доступний тут.
• Існує сторінка Вікіпедії про стандарт Ньюіка, доступна тут